Förderprogramme im Bereich Forschung
Das Staatsministerium für Wissenschaft, Forschung und Kunst fördert Forschung und Lehre, indem es die Mittel für die Grundausstattung der Hochschulen bereitstellt.
Ein wichtiges Instrument zur Förderung der interdisziplinären Zusammenarbeit in der Forschung an den Hochschulen und wissenschaftlichen Einrichtungen in Bayern sind die bayerischen Forschungsverbünde 
. In einem Forschungsverbund arbeiten Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler verschiedener Fachbereiche und Hochschulen meist gemeinsam mit Partnern aus der Wirtschaft auf einem bestimmten zukunftsträchtigen Themengebiet zusammen.
Darüber hinaus gibt es die folgenden Förderprogramme:
Im Rahmen des Bayerischen Genomforschungsnetzwerks werden auf dem Gebiet der Genomforschung mehrere Forschergruppen (Junior- und Seniorgruppen) an verschiedenen Universitäten in Bayern gefördert.
Im Bereich der Immuntherapie, d.h. der therapeutischen Beeinflussung des menschlichen Immunsystems, werden im Rahmen des Bayerischen Immuntherapie-Netzwerks (BayImmuNet) fünf Nachwuchsforschergruppen "Translationale Immuntherapie" sowie elf Projekte zu klinischen Studien und präklinischer Technologieentwicklung gefördert.
Im Rahmen des Bayerischen Forschungsnetzwerks für Molekulare Biosysteme (BioSysNet) werden bis zu 25 Projekte von neuen Nachwuchsforschungsgruppen sowie bestehenden Forschergruppen an den verschiedenen bayerischen Universitäten und Universitätsklinika gefördert. Ziel des Forschungsnetzwerks ist es, die in Bayern bestehenden Kompetenzen in der Biosystemforschung zu bündeln und damit die Position Bayerns auf diesem innovativen Forschungsfeld zu stärken.
Das bayerische "Förderprogramm zum leichteren Übergang in eine Gründerexistenz" (FLÜGGE ) verfolgt das Ziel, Unternehmensgründungen aus der Hochschule in der Seed- bzw. Startup-Phase zu unterstützen. Dazu bietet es jungen Hochschulabsolventinnen und -absolventen sowie Hochschulmitarbeiterinnen und -mitarbeitern die Möglichkeit, parallel zur Konzeptionsphase ihrer Existenzgründung für die Dauer von ein bis zwei Jahren in Teilzeit an ihrer Hochschule zu arbeiten und dadurch ihren Lebensunterhalt zu sichern.
Aus dem sogenannten Bonusprogramm (Programm zur Förderung der Auftragsforschung) können Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern an den staatlichen Hochschulen Prämien für die Einwerbung von Drittmitteln im Rahmen von anwendungsbezogenen Forschungsaufträgen privater Unternehmen gezahlt werden (Bonusprogramm der bayerischen Universitäten , Bonusprogramm für die bayerischen Fachhochschulen
).
Die Bayerische Forschungsstiftung fördert anwendungsorientierte Forschungsvorhaben, die von Wissenschaft und Wirtschaft gemeinsam getragen werden.
Eine wichtige Rolle bei der Förderung erkenntnisorientierter Forschung spielt die von Bund und Ländern gemeinsam finanzierte Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG). Sie vergibt ihre Mittel im Wettbewerb an die besten Projektvorschläge, insbesondere aus Hochschulen und Forschungsinstituten. Das sichert Effizienz und Qualität der geförderten Vorhaben. Besonders hervorzuheben ist die Förderung von Sonderforschungsbereichen (SFB) durch die DFG. Die Bewilligung solcher Sonderforschungsbereiche ist ein besonderes Gütezeichen für die Forschung an einer Universität. Bayerische Universitäten haben derzeit die Sprecherschaft von ca. 40 Sonderforschungsbereichen bzw. Transregios inne und sind an rund 15 weiteren Transregios beteiligt.
Der wissenschaftliche Nachwuchs wird besonders gefördert durch:
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